膜相互作用

在MD模拟讨程中、涉及氙键采用UNCS 算法进行约束，积分步长为2f、Paride:mesh Ewad(PME)方法计算，截断值设为1.20m、非键相互作用截断值设为10 A，采用V-escale 温度耦合方法控制模拟温度为300 K，采用Berendsen方法控制压力为1bar，均方根波动(RMSD，Rootmean sauare deviation)被用来观察体系在模拟过程中局部位点变构的情况(波动截止点被设定为0.2)。回转半径(Rg，radius ofgyration)用于评价体系结构的紧密程度，均方根波动(RMSF，Root mean square function)可以观察体系在模拟过程中局部位点变构的情况。SASA(Solvent accessible surface area)用于观察模拟过程中复合物溶剂可及表面积的大小。HBNUM用于描述蛋白和水分子、细胞膜之间的氢键接触情况.将模拟0-200ns过程中的快照进行展示，可以看到体系N在模拟过程中0-150ns阶段趴在细胞膜之上，在150-200ns阶股开始远离细胞膜表面，体系C在0-100ns价段过程中长肽的一段已经离开细胞膜表面，但是在100-200ns的模拟中另一端仍然和细胞膜接触。进一步查看，是双呲啶突变通过分子间互作将长肽牢固固定于细胞膜表面。